Κεντρικό ρόλο στο νέο νομοσχέδιο για την προστασία της δημόσιας υγείας, που τέθηκε σε δημόσια διαβούλευση, έχει το Εθνικό Πρόγραμμα Εμβολιασμών (ΕΠΕΜΒ). 

Αυτό απευθύνεται σε ειδικές και ευάλωτες ομάδες του πληθυσμού, παιδιά, ανηλίκους και ενηλίκους, μετακινούμενους πληθυσμούς, και πληθυσμούς που βρίσκονται σε κίνδυνο και περιλαμβάνει τα προγράμματα εμβολιασμών όλων των ανωτέρω.

Ουσιαστικά με το νομοσχέδιο ο εμβολιασμός θα μπορεί να επιβάλλεται ως υποχρεωτικός σε περίπτωση απειλής για τη δημόσια υγεία. Συγκεκριμένα όπως αναφέρεται η ΕΕΔΥ θα γνωμοδοτεί σε περιπτώσεις εμφάνισης κινδύνου διάδοσης μεταδοτικού νοσήματος, που ενδέχεται να έχει σοβαρές επιπτώσεις, με στόχο την  αποτροπή της διάδοσής του.

Στο πλαίσιο της υπουργικής απόφασης θα ορίζεται η ομάδα του πληθυσμού ως προς την οποία θα καθίσταται υποχρεωτικός ο εμβολιασμός με καθορισμένο εμβόλιο, η τυχόν καθορισμένη περιοχή υπαγωγής στην υποχρεωτικότητα, το χρονικό διάστημα ισχύος της υποχρεωτικότητας του εμβολιασμού.

Η απόφαση θα θεωρείται έκτακτο και προσωρινό μέτρο προστασίας της δημόσιας υγείας για συγκεκριμένη ομάδα του πληθυσμού, ενώ θα ρυθμίζεται η διαδικασία του εμβολιασμού και κάθε άλλη σχετική λεπτομέρεια.